Eigenschaften generisches Atom
Die Eigenschaften des generischen Atoms werden zur Beschreibung der an funktionelle Gruppen gebundenen unbekannten Reste benötigt. Diese Reste werden durch ein generisches Atom repräsentiert. Die Eigenschaften dieses Atoms beschreiben die chemische Umgebung der funktionellen Gruppe mit der Hilfe folgender Parameter:
Alle Parameter des Dialogs die den Wert 0 haben werden ignoriert.
Verbindungen (Connections)
Verbindungen(Connections)
Gibt die Gesamtzahl an Nachbaratomen oder -gruppen im Bezug auf das generisches Atom an.
Beispiele:
Zahl der Verbindungen: 4 3
Hier wird der an eine Carbonsäure gebundene Rest R durch eine Methylgruppe bzw. Ethenylgruppe ersetzt. Die Doppelbindung der Ethenylgruppe verringert die Zahl der Verbindungen um einen Zähler.
Explizite Verbindungen
Gibt die Zahl der Nachbaratome des generischen Atoms an, allerdings ohne Berücksichtigung der impliziten Wasserstoffatome.
Beispiel:
Zahl der expliziten Verbindungen: 3 2
Werden Wasserstoffatome ausdrücklich gezeichnet, gehen diese in die Zahl der expliziten Verbindungen mit ein. Andernfalls werden diese ignoriert.
Valenz
Die Valenz legt die Bindungsordnung des direkt an die funktionelle Gruppe gebundenen Atoms fest.
-
Einzelbindung = 1
-
Doppelbindung = 2
-
Dreifachbindung = 3
Allgemein
Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:
Aliphatisch
Gibt an, ob der Rest aliphatisch ist. Wird ignoriert falls auf 'false' gesetzt.
Aromatisch
Gibt an, ob der Rest aromatisch ist. Wird ignoriert falls auf 'false' gesetzt.
Atomschema
Das Atomschema ist die wichtigste Einstellung dieses Dialogs. Einzelne Atome oder komplette Reste können mit Hilfe der SMILES und SMARTS Nomenklatur beschrieben werden. Einzelheiten finden Sie im Kapitel "SMILES und SMARTS Nomenklatur". Hier kann ein logischer Ausdruck der die chemische Umgebung beschreibt eingegeben werden. Falls nötig, können auch Ausdrücke eingegeben werden die vollständige Molekülfragmente beschreiben. Das hier eingegebene Atomschema setzt alle anderen Einstellungen des Dialogs auÄer Kraft.
Beispiel:
Atomschema: *&A; C; !N; !S; !O; !$(C(=O))
*&A bedeutet: der Rest kann ein beliebiger aliphatischer Rest sein.
Das Trennzeichen ";" fungiert als logischer UND Operator.
C bedeutet: das unmittelbar nächste Atom muÄ ein aliphatisches Kohlenstoffatom sein.
!N bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Stickstoff sein.
!O bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Sauerstoff sein.
!S bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Schwefel sein.
!$(C(=O)) bedeutet: die Nachbargruppe ist keine Carbonylgruppe, folglich wird folgende Substanzklasse ausgeschlossen:
Ladung
Gibt die gesamte positive oder negative Ladung des generischen Atoms an. Wird zur Definition von Ionen oder Salzen verwendet.
Angezeigter Name
In der Chemie werden für bestimmte Reste definierte Abkürzungen verwendet (siehe unten). Eine Anpassung ist nicht unbedingt erforderlich, hilft aber bei der schnellen Erkennung des Restetyps:
-
R, R', R'', R''', ... = beliebige Alkylgruppe
-
Ph =Phenylgruppe
-
Ar = aromatischer Rest
-
G = beliebiger aliphatischer oder aromatischer Rest ohne Einschränkung.
Wasserstoff
Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:
Gebundene Wasserstoffe
Gibt die Zahl der gebundenen expliziten Wasserstoffatome des generischen Atoms an. Darf nicht größer als die Valenz sein.
Implizite Wasserstoffe
Gibt die Zahl der impliziten Wasserstoffe an.
Beispiel:
Soll eine Methylengruppe (CH2) als generische Atom definiert werden, ist Zahl der impliziten Wasserstoffatome gleich 2.
Ringe
Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:
Ringzugehörigkeit
Gibt an, Teil wie vieler Ringe das generische Atom ist. Wird zur Definition von Brückenatome z.B. in Bizyklen verwendet.
Beispiel:
Die Brückenatome in Norbornan sind Teil zweier 5-gliedriger Ringe.
Minimale Ringgröße
Definiert die minimal erlaubte Ringgröße falls das generische Atom Teil eines Rings ist. Die Ringgröße entspricht der Anzahl der Atome in einem Ring. Ist das generische Atom Teil eines größeren Rings als dem hier definierten, dann wird es berücksichtigt. Andernfalls wird es ignoriert.